Leží na Východoslovenskej nížine 3 km východne od mesta Michalovce v jeho suburbánnom priestore a 22 km západne od hraníc Slovenska s Ukrajinou. Leží na hlavnej ceste európskeho významu E-50, spájajúcej Michalovce so Sobrancami a Vyšným Nemeckým.

Katastrálne územie obce má rozlohu celkom 1 960 ha, z toho poľnohospodárska pôda zaberá 1 282 ha. Z toho je 1 182 ha ornej pôdy, 23 ha lúk a pasienkov, 77 ha záhrad a ovocných sadov. Plocha intravilánu obce je 103 ha, z toho 103 ha zastavaná plocha.
Priemerná nadmorská výška v obci je 125 m n. m., najvyšší bod v chotári obce je Grúň s nadmorskou výškou 145 m n. m.

Geológia a geomorfológia obce

Zalužice sú podľa geomorfologického členenia SR (Mazúr Lukniš, 1990) súčasťou alpsko-himalájskej sústavy, podsústavy Panonská panva, provincie Vychodopanónska panva, oblasť Východoslovenská nížina. Kataster obce je na rozhraní dvoch celkov: Východoslovenskej pahorkatiny a Východoslovenskej roviny, presnejšie sa nachádza na ich troch podcelkoch – sever obce patrí spolu s bazénom Zemplínskej šíravy do Zalužickej pahorkatiny, juhozápad do Laboreckej roviny a juhovýchod do Iňačovskej roviny.

Východoslovenská nížina predstavuje intenzívne poklesávajúcu panvu vyplnenú neogénnými a sčasti i kvartérnymi sedimentami. Sedimenty redeponované z okolitých pohorí tvoria íly, piesky, štrky, čiastočne tufy a tufity. Jednotlivé tektonické kryhy tvoriace panvu nepoklesávali rovnomerne, čoho dôsledkom je vznik pahorkatinnej a nížinnej časti územia. Poklesy vo Východoslovenskej nížine majú za následok aj vejárovitý tvar riečnej siete. Širavská čiastková prepadlina bola využitá pre výstavbu podvihorlatskej vodnej nádrže.

V katastri obce sa nachádzajú štvrtohorné (kvartérne) spraše až sprašové hliny z obdobia würmu, v oblasti „Nižne zahumenky“ sú usadeniny z karbonátových a nekarbonátových aluviálnych sedimentov nivy starého koryta Laborca. Ďalej sú tu zastúpené neogénne sivé a pestré íly čečehovských súvrství a v menšej miere pestré kaolinické íly senianského súvrstvia.
Obec je významná výskytom kamennej soli. Zasahuje tu vrchný soľný obzor, ktorý začína pri obci Soľ pri Vranove nad Topľou, vedie cez Zbudzu a končí v Zalužiciach. Jeho mocnosť kolíše od 6 do 130 m. Soľ obsahuje konkrécie anhydridu, je jemná a hrubokryštalická. Pukliny v nej vyplňuje vláknitá soľ.

Pôdy

V chotári obce sa nachádzajú pôdy, ktoré sú podľa zrnitostnej triedy, zaraďované ku hlinitým (väčšina pôd) a čiastočne aj ku ílovito-hlinitým pôdam. Ide o pôdy s nízkym obsahom humusu – 2 až 3 %, vo vyšších polohách 5 až 10 %. Prevládajú pôdy stredne hlboké (30 až 40 cm). Rozmiestnenie dominantných pôdnych typov je nasledovné:
Sever – luvizeme pseudoglejové, sprievodné pseudogleje luvizemné zo sprašových hlín, lokálne kambizeme z kvartérnych a terciérnych skeletnatých sedimentov.
Juh – čiernice glejové, sprievodné čiernice kultizemné a gleje; z karbonátových a nekarbonátových aluviálnych sedimentov.
Juhovýchod – pseudogleje modálne, kultizemné a luvizemné nasýtené až kyslé; zo sprašových hlín a svahovín.
Prevažne ide o slabo až stredne kyslé pôdy, ktoré majú veľkú referenčnú schopnosť a strednú priepustnosť.

Podnebie

Obec sa nachádza v teplej, mierne vlhkej klimatickej oblasti, podoblasti mierne vlhkej, okrsku teplom, mierne suchom s chladnou zimou. Priemerná ročná teplota vzduchu je 8 – 9º C. Priemerná teplota vzduchu vo vegetačnom období je 15 – 16º C. Počet mrazových dní v roku (min. teplota vzduchu – 0,1º C a nižšia) je 100 až 120 dní. Priemerné teploty v januári dosahujú – 3º až – 4º C. Teplota v júli a v auguste sa cez deň pohybuje od 22º do 30º C. Ročný úhrn zrážok sa pohybuje od 650 do 750 mm.
Prevládajúci smer vetra je južný, na bezvetrie pripadá 48 % dní v roku. Smer vetra v roku – južný 19 %, severný 11 %, západný 5 %, severozápadný 4 %, severovýchodný 4 %, juhovýchodný 4 %, juhozápadný 3 % a východný 2 %.
Ročná oblačnosť je pod 60 %. Trvanie slnečného svitu za rok v priemere 2 200 hodín.

Vodstvo

Z hydrologického hľadiska patrí skúmané územie do povodia Bodrogu. Katastrálne územie je odvodňované Zalužickým kanálom ústiacim do Laborca na území Michaloviec, Čečehovským kanálom, ktorý odvodňuje časť Veľké Zalužice a ústi do rieky Uh. Časť Malé Zalužice odvodňuje Zalužicky chotárny potok. V kanáloch sa stále zdržuje voda a len pomaly odteká pre minimálny sklon koryta. Uvedené toky sú málo vodnaté preto, že vznikajú na riešenom území a slúžia len na odvedenie zrážkových vôd.
Vodná nádrž Zemplínska šírava pôsobí na územie obce abráziou návodného svahu, brehov i hrádze. Abráziu spôsobuje veterné vlnenie, ktoré pri silných vetroch dosahuje až vrchol hrádze. Bolo potrebné prikročiť k ochrane hrádzí hrubým kamenným záhozom balvanov lomového kameňa.
Vodná nádrž Zemplínska šírava bola sprístupnená verejnosti v roku 1966. Je vybudovaná ako bočná nádrž pri rieke Laborec, v povodí Čiernej vody. Nádrž tvorí v chotári obce Zalužice juhozápadná hrádza o dĺžke 2,014 km.
Súčasný hydrologický režim je výrazne rozkolísaný a v siedmich mesiacoch v roku sú evidované vo všetkých okolitých vodných tokoch záporné hodnoty prietokov. Výsledky analýz jasne poukazujú na výrazne zmenené podmienky globálneho charakteru, ale aj lokálneho (intenzita antropického vplyvu – zavlažovanie).

Rastlinstvo

Katastrálne územie obce patrí do oblasti panónskej flóry. Panónska oblasť je reprezentovaná fytogeografickým okresom Východoslovenská nížina. V minulosti bolo celé toto územie pokryté lužnými dubovohrabovými a teplomilnými dubovými lesmi. Do pôvodnej skladby vegetačného krytu v značnej miere zasiahol človek (územie bolo osídlené už v staršej dobe kamennej), ktorý systematickým rúbaním a klčovaním lesných porastov prevažnú časť územia premenil na ornú pôdu, lúky, pasienky a vinice.
Do prirodzenej skladby takmer všetkých rastlinných spoločenstiev podstatne zasiahla výstavba vodohospodárskeho diela, intenzifikácia poľnohospodárstva, ale aj iné antropogénne faktory. Z pôvodného vegetačného krytu sa na území zachovali len malé komplexy prirodzených vŕbovo-topoľových porastov pozdĺž malých vodných tokov.

Živočíšstvo

Skúmané územie podľa rozdelenia živočíšnych regiónov patrí do okrsku vihorlatského obvodu východobeskydského, oblasti Východných Karpát.
Zo zoologického hľadiska predmetné územie patrí do paleartickej oblasti. Cez územie prebieha viacero hraníc areálov rozšírenia niektorých druhov živočíchov a vyskytuje sa tu aj niekoľko typických prvkov západokarpatských a východokarpatských elementov. Vyskytuje sa tu pestrá paleta živočíšnych druhov v malom od eurosibírskej zložky cez orientálne druhy a druhy európskeho rozšírenia.
Z hľadiska migrácie živočíšnych druhov je potrebné zdôrazniť význam vodnej nádrže ako významnej oddychovej lokality vodného a pri vode žijúceho vtáctva pri pravidelných jarných a jesenných migráciách vtákov, čo značne ovplyvňuje aj biodiverzitu vtáčích spoločenstiev. Najvýchodnejšia časť Zemplínskej šíravy je vyhlásená chráneným územím v kategórii – Chránený areál, ktorý bol zaradený do medzinárodného zoznamu významných mokradí RAMSAR.